VOilà j'ai suivi avec attention la procédure ...
Au final je me retrouve avec 3 bdd :
-1 : bdd originale (où il me semble y avoir une erreur car à l'ajout de produit j'ai un SQLSTATE à cause d'un id)
-2 : la copie parfaite de la -1
-3 : la bdd "produite" par MAGENTO database repair, cette dernière présente 2 champs en moins (219 champs au lieu de 221), elle reste vide.
si je ne touche a rien je reste avec cette erreur :

Error in file: "/home/webmaster/public_html/www/app/code/core/Mage/Core/sql/core_setup/mysql4-install-0.8.0.php" - SQLSTATE[42S01]: Base table or view already exists: 1050 Table 'core_resource' already exists
Trace:
#0 /home/webmaster/public_html/www/app/code/core/Mage/Core/Model/Resource/Setup.php(292): Mage::exception('Mage_Core', 'Error in file: ...')
#1 /home/webmaster/public_html/www/app/code/core/Mage/Core/Model/Resource/Setup.php(167): Mage_Core_Model_Resource_Setup->_modifyResourceDb('install', '', '0.8.13')
#2 /home/webmaster/public_html/www/app/code/core/Mage/Core/Model/Resource/Setup.php(155): Mage_Core_Model_Resource_Setup->_installResourceDb('0.8.13')
#3 /home/webmaster/public_html/www/app/code/core/Mage/Core/Model/Resource/Setup.php(121): Mage_Core_Model_Resource_Setup->applyUpdates()
#4 /home/webmaster/public_html/www/app/code/core/Mage/Core/Model/Config.php(263): Mage_Core_Model_Resource_Setup::applyAllUpdates()
#5 /home/webmaster/public_html/www/app/code/core/Mage/Core/Model/App.php(263): Mage_Core_Model_Config->init(Array)
#6 /home/webmaster/public_html/www/app/Mage.php(434): Mage_Core_Model_App->init('', 'store', Array)
#7 /home/webmaster/public_html/www/app/Mage.php(455): Mage::app('', 'store', Array)
#8 /home/webmaster/public_html/www/index.php(65): Mage::run()
#9 {main}