J'ai fini par trouver d'ou venait l'erreur sur le panier.
En fait il faut prendre soin de désinstaller toutes les extensions avant la mise à jour vers la 1.4.
Dans mon cas cela n'a pas été sans mal. En effet, bien qu'ayant supprimé le fichier pear.ini du downloader dans mon répertoire de test et modifié tous les fichiers comme il est expliqué dans ce
wiki de magentocommercewiki , désinstaller une extensions modifiait quand même mon install de production. J'ai du d'ailleurs restaurer cette dernière.
Ce que j'ai fait pour contourner le problème : j'ai totalement supprimer le downloader du répertoire de test pour le réinstaller en 1.3.2.1 avant la mise à jour.
La mise à jour étant faite, je réinstalle chaque estension et la désinstalle dans la foulée. Ainsi elle sont proprement supprimées de l'installation de test.
Sur le panier l'extension qui pose problème est
celle de la TVA française