Dès que le client confirme sa commande dans l'étape finale et va sur PayPal, sa commande est enregistrée, comme pour les autres moyens de paiement d'ailleurs. A mon avis c'est plutôt un bien puisqu'en cas de commande abandonnée au moment du paiement tu peux contacter ton client pour savoir s'il a rencontré des difficultés.
Un moyen de faire les choses un peu mieux avec PayPal est d'utiliser IPN. Ainsi, si le client paye réellement une fois sur PayPal, tout va se mettre à jour dans ton backend : la facture va se générer automatiquement, et la commande va passer "En cours de traitement". S'il ne va pas au bout, elle est affichée soit "En attente", soit "Annulée".
Un lien pour savoir comment le mettre en place :
http://www.magentocommerce.com/wiki/how_to/paypal_standard_payments_setup_with_ipn