Comme je disais dans un autre post, j'ai été confronté au même problème pour les produits de vente croisées en affichage dans le panier avec une double TVA avec la version 1.4.0.1 que je viens de mettre en place pour un client !!!
Et l'incohérence fait que seul le panier est impacté...
Après plusieurs vérification et tests, je n'ai pas trouvé la solution idéale mais une alternative.
Dans le fichier /app/design/frontend/monstore/mavue/template/checkout/cart/crossell.phtml, j'ai mis en commentaire l'affichage du prix :
ligne 43 : <?php //echo $this->getPriceHtml($_item, true) ?>
Si ça peut vous aider temporairement

Sinon pour ceux qui ont une solution plus pérenne, n'hésitez pas !